在THE KING OF FIGHTERS 2000大会举办过程中，一个城市被卫星兵器ZERO CANON摧毁了。但是各个国家的报纸却掩饰说这是人工卫星事故。 虽然终止必然会出事的KOF大会"之声不少，但讽刺的是，这个有名的格斗大会却再次恢复人气。而且人门的热衷程度甚至比KOF97更加厉害。

但是，在这个世界性的大会中，一个惊人的事实逐渐被揭露开来，大会参赛者的名单中竟然有N.E.S.T.S. TEAM的出现!! 大会主办者的真正目的究竟是什么呢?而且今次的大会并没有保证惨剧不会再次发生 THE KING OF FIGHTERS N.E.S.T.S.的第3篇。一切都会在今次的大会后完结!!

KOF2001包括10支队伍，和99/2000一样，每个队伍由4个人组成。没有edit专用角色了，Kyo和Iori都在队伍之中。有一个新队伍和4个新人物；新队伍是NESTS队：由Kula和三个新人物（Foxy，Angel，和K9999）组成。剩下的一个新人物是Mei-Li，她将在韩国队，代替了全勋的位置。