神秘组织N.E.S.T.S.经过《拳皇99》的失败后，就像人间蒸发般，完全断绝了关于他们的消息时间流逝，距离上次大会快将一年，这时候世界各地突然发生各种恐怖活动！究竟是什么组织策划？明察暗访，以希顿上校为首的军队终于调查到，一连串的恐怖活动，是由K和Maxima两人所引起的？！

在希顿上校准备前往追查两人的同时，新一届《拳皇大赛》亦将开始世界各地纷纷热闹起来，各地的格斗家们也为这个大会而雀跃！但叫人惊讶的是在招待选手中，竟然存在K和Maxima所组成的队伍？！究竟怎么一回事呢？为什么他们也会参加

至于沉默了接近一年的N.E.S.T.S.组织，亦在这时候发动第二阶段计划？！是偶然还是预谋？！一切的谜题，都只是为大家带来一个讯息：新一届THE KING OF FIGHTERS即将开幕！